Des études récentes ont montré que l’immunité du fœtus pourrait se constituer assez tôt, par un microbiote maternel placentaire. On a pourtant longtemps considéré le placenta comme absolument stérile et que le microbiote maternel n’était transmis qu’au moment de l’accouchement et pendant la période néonatale. On a pu y observer une population de bactéries résidentes non-pathogènes proches de celles de la muqueuse buccale de la mère. Ce seraient donc les premières bactéries à entrer en contact avec le fœtus. Cette population participerait donc précocement à la création de son immunité.
À l’accouchement, avec la rupture de la poche, le tube digestif du nourrisson, va être rapidement colonisé par des micro-organismes d’origines diverses, via son nez, sa bouche… Il est pour la première fois en contact avec des bactéries extérieures :
Lactobacilles du microbiote vaginal d’abord (flore de Döderlein) puis les bactéries du microbiote de la peau (lors du premier contact mère-enfant peau à peau) (propionibacterium, streptococcus, staphylococcus…)
Par suite, lors de l’allaitement, le microbiote mammaire et la flore du lait maternel (bifidus, clostridium,…) jouent à leur tour un rôle important pour la création d’une bonne immunité de l’enfant par la constitution d’un microbiote de qualité et l’apport d’anticorps. Le premier lait sécrété par les glandes mammaires, le colostrum est ainsi très riche en ces anticorps maternels (immunité naturelle et vaccinale).
C’est cet ensemble de transmissions qui crée la flore intestinale du nourrisson et lui garantissent la base de son immunité.