À l’état naturel, les microorganismes des sols jouent un rôle important dans la revitalisation, la régénération voire la dépollution des sols ou de l’eau, tout comme les plantes.
Ils sont bien sûr capables de dégrader des déchets organiques en nutriments, mais aussi pour certains de se charger de contaminants inorganiques.
On peut ainsi avoir recours à des bactéries, levures, champignons ou algues, naturels ou modifiés, pour agir de façon ciblée sur tel ou tels polluant chimiques de sols ou de l’eau. On peut en sélectionner par exemple qui sont capables de métaboliser du pétrole brut, des solvants volatils, des pesticides, nitrates, …

Les moyens d’actions sont également variés, et peuvent être adaptés aux besoins spécifiques. Ils vont de l’agrégation ou absorption pour une récupération et traitement ultérieur (métaux lourds, microplastiques…) à la métabolisation complète des contaminants en produits peu voire non-toxiques.
Les progrès en génétiques (bio augmentation, biostimulation…) offrent des perspectives intéressantes dans la sélection et la Bioproduciton d’auxiliaires précieux pour la dépollution et la revitalisation de friches industrielles ou de plans d’eau contaminés. On parvient même à sélectionner et à produire des bio-capteurs de pollution, que l’on appelle Bioreporters capable d’indiquer un niveau de concentration en certains contaminants particuliers.

Les enjeux de la dépollution sont importants, disposer d’outils naturels non-chimiques est un plus à développer.